El Puerto de Iquiquetiene dos terminales: Terminal N° 1 Molo y el Terminal N° 2 Espigón.

El Terminal Nº1 Molo es administrado por EPI y opera bajo un sistema denominado MULTIOPERADO, en el cual distintas empresas privadas ofrecen los servicios de transferencia. Además, EPI ofrece una serie de servicios asociados, como almacenamiento e incluso alojamiento de servidores corporativos.

En 2002, el Terminal Nº2 Espigón fue entregado en concesión por un período de veinte años a la Empresa Iquique Terminal Internacional (ITI), y ampliada otros diez años el 2008. Opera bajo un sistema denominado MONOPERADO, lo que se traduce en que la misma empresa ofrece todos los servicios portuarios.