El Puerto de Iquique cuenta con un sistema de protección mixto, conformado por vigilantes privados y guardias de seguridad marítimo, los cuales operan las 24 hrs. los 365 días del año. Además, mantiene un Circuito Cerrado de Televisión Digital (CCTvD) que cuenta con 28 cámaras, las que permiten supervisar el atraque y zarpe de naves, como las operaciones y movimientos que se efectúan tanto al interior del terminal como en la comuna de Alto Hospicio.

Asimismo, los accesos son controlados mediante un sistema magnético (CAM),el cual verifica el acceso de personas y vehículos que ingresan y salen del recinto portuario, todo ello complementado con un equipo humano altamente especializado en seguridad.